基础论坛:基于深度学习和Rosetta的蛋白质结构预测

文:基础与前沿研究院 图:基础与前沿研究院 / 来源:基础与前沿研究院 / 2020-01-10 / 点击量:11338

  由基础与前沿研究院主办的基础论坛第202期邀请到南开大学数学科学学院杨建益教授作学术交流。具体安排如下,欢迎师生们参加。

  题 目:基于深度学习和Rosetta的蛋白质结构预测

  主讲人:南开大学数学科学学院 杨建益 教授

  时 间:2020年1月12日(周日)16:00

  地 点:沙河校区通信楼818会议室

  主讲人简介:

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  杨建益,南开大学教授、博士生导师。2011年博士毕业于新加坡南洋理工大学,2011-2014在美国密歇根大学从事博士后研究工作。2015年初加入南开大学,2017年底破格晋升为教授。2018年获得霍英东教育基金会基金资助。研究方向为生物信息学,已以第一或通讯作者在Nature Methods等期刊发表SCI论文30篇。所发表论文被SCI他引3000多次,3篇论文入选ESI高被引论文。详情请见课题组网站:http://yanglab.nankai.edu.cn/

  报告摘要:

  蛋白质结构预测的目标是从蛋白质的氨基酸序列出发,通过算法设计和开发,构建准确的三维结构模型。报告人将介绍最近年来我们在蛋白质结构预测领域的主要工作trRosetta。它主要包括两部分:(1)通过深度学习算法预测蛋白质残基间的几何信息;(2)把这些信息转化为Rosetta的能量项,通过能量最小化方法快速从头预测蛋白质结构。实验结果表明trRosetta所预测的结构模型准确率高于现有其他方法,这包括第十三届蛋白质结构预测竞赛(CASP13)的冠军AlphaFold。团队为该算法搭建了网络服务器,还提供了可下载的版本,通过普通台式机即可快速预测蛋白质结构:https://yanglab.nankai.edu.cn/trRosetta/


                        基础与前沿研究院

                         2020年1月10日



编辑:何易虹  / 审核:林坤  / 发布者:陈伟