学术沙龙:基于Tn5的转录调控视野拓展

文:人力资源部教师发展中心 / 来源:医学院 党委教师工作部、人力资源部 / 2021-05-13 / 点击量:1144

  人力资源部教师发展中心“学术沙龙”活动特别邀请南方医科大学颜光玗教授做学术交流,具体安排如下,欢迎广大师生参加。

  一、主 题:基于Tn5的转录调控视野拓展

  二、主讲人:南方医科大学 颜光玗 教授

  三、时 间:2021年5月17日(周一)14:00

  四、地 点:沙河校区医学院二楼213会议室

  五、主持人:胡婧 特聘研究员

  六、线上参与方式:腾讯会议 会议ID: 536192021

  七、主讲人简介:

  颜光玗,南方医科大学教授,国家青年人才、国家优秀青年科学基金获得者,长期从事分子生物学和生物信息分析等交叉学科领域的科研工作,研究方向聚焦于染色质重塑子是如何通过调节核小体来影响基因表达,以小鼠胚胎干细胞为模型,结合基因组学与生物信息学,进一步探讨染色质重塑子参与造血发育的机制研究,相关成果有助于更加完整地解析造血发育的转录调控网络,已在Nature, Cell, Molecular Cell, Leukemia等期刊上发表多篇论文,还参与Cell, Molecular Cell, Nucleus Acid Research等期刊的审稿工作。

  八、内容简介:

  基于两种以上高通量测序分析的多组学研究,为厘清基因表达的调控机制提供了更加全面的综合视角,例如,联合分析ATAC-seq和RNA-seq数据可有助于我们理解顺势调控区域(cis-regulatory region)如何调控基因表达,但如何系统性联合分析启动子开放性和基因转录水平仍有待深入研究。为了解决这一难题,主讲人及其团队从Tn5转座酶的插入偏好性入手,结合ATAC-seq,、RNA-seq和WGBS等数据集,不仅观察到转录起始位点(TSS)附近的Tn5插入模式具有细胞特异性,并且阐明这种富集受到DNA 基序(DNA motif)、DNA 形状(DNA shape)、DNA甲基化(DNA methylation)和解链DNA(melted DNA)等因素的协同影响。基于上述结果,主讲人进一步开发了结构性足迹分析算法(structural footprinting analysis),可用于预测全基因组范围内所有的TSS附近的转录状态,为理解基因转录调控的过程提供更加精细的视角。

  九、主办单位:人力资源部教师发展中心

    承办单位:医学院


                  人力资源部教师发展中心

                    2021年5月13日 



编辑:庄志东  / 审核:林坤  / 发布者:陈伟